Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu Collegium Medicum im. L. Rydygiera w Bydgoszczy zamierza udzielić zamówienia publicznego na wykonanie „usługi sekwencjonowania 80 bibliotek RRBS (ang. reduced representation bisulfite sequencing) wraz z usługami dodatkowymi” realizowanej w ramach projektu „Badania nad międzypokoleniowym oraz wielopokoleniowym fenotypowym i epigenetycznym efektem stymulacji in ovo zarodka kury” (umowa NCN UMO-2020/37/B/NZ9/00497) finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki.
Opis minimalnych wymagań dotyczących usługi:
- Kontrola jakości dostarczonych 80 bibliotek RRBS (ang. reduced representation bisulfite sequencing) co najmniej za pomocą reakcji qPCR, fluorymetru Qbit (lub równorzędnego urządzenia) oraz urządzenia Fragment Analyzer System 5400 lub Bioanalyser 2100 firmy Agilent (lub równorzędnych urządzeń). Zleceniodawca zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek.
- Sekwencjonowanie genomowe przygotowanych bibliotek w technologii Illumina na platformie NovaSeq6000 w trybie odczytów jednostronnych, konfiguracja przebiegu sekwencjonowania 1 x 50 pz.
- Sekwencjonowanie po minimum 30 milionów odczytów/bibliotekę, jakość odczytów Q30≥85%.
- Przygotowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania, informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek.
- Opracowanie statystyczne surowych danych z sekwencjonowania pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek. Surowe dane muszą być poddane kontroli jakości, która obejmować będzie co najmniej: przycinanie i filtrowanie odczytów o niskiej jakości i zawierających sekwencje adaptorowe, analizę jakości uzyskanych odczytów Q20 i Q30, rozkład wskaźnika błędu, dystrybucję par GC oraz poszczególnych zasad. Zleceniobiorca przygotuje pliki wynikowe w formacie fastq.
- Transfer elektroniczny wyników zabezpieczonych hasłem lub przesyłka dysku twardego z danymi.
- Wszystkie analizy powinny być wykonane na tej samej platformie i przy użyciu tych samych odczynników przez cały okres trwania umowy.
- Wykonanie części lub całości usług nie może być zlecane podwykonawcom.
- Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła 80 bibliotek typu RRBS.
- Firma musi posiadać przedstawiciela w Polsce.
- Laboratorium musi posiadać certyfikację European Molecular Quality Network (EMQN) i ISO 17025.
- Maksymalny czas wykonania usługi to 35 dni roboczych od dnia, w którym przesłane próby poprawnie przejdą kontrolę jakości.
- Do Zleceniobiorcy w celu wykonania usługi przesyłane będą biblioteki RRBS o minimalnych parametrach: stężenie ≥ 0,5 ng/μl (Qubit) lub 2-30 nM/bibliotekę (qPCR) , objętość: ≥ 25 μl, - minimalna długość biblioteki (insert + adaptory): 130 pz, - maksymalna długość biblioteki (insert + adaptory): zgodna z zaleceniami producenta zestawu użytego do przygotowania bibliotek.
Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła 80 bibliotek RRBS. Próbki będą wysyłane do Zleceniobiorcy max. w przesyłkach, 10kg każda przesyłka. Planowany termin wysłania próbek: sierpień-grudzień 2025 roku. Koszty przesyłek pokrywa Zleceniobiorca.
Aby oszacować wartość zamówienia, zwracamy się z prośbą o podanie kosztów realizacji wykonania usługi w przeliczeniu na jedną próbę. Przewidywana liczba prób: 80.
Niniejsze zapytanie ma na celu wyłącznie rozeznanie cenowe rynku oraz uzyskanie wiedzy na temat kosztów związanych z planowanym zamówieniem publicznym.
Jeżeli realizują Państwo usługi zgodnie z załączonym opisem przedmiotu zamówienia, zwracam się z uprzejmą prośbą o odesłanie do dnia 10.07.2025 r. na adres e-mail karolina.czajkowska@cm.umk.pl wypełnionego formularza cenowego.
Zapytanie ma na celu określenie wartości szacunkowej niezbędnej do przeprowadzenia postępowania o udzielenie zamówienia publicznego zgodnie z przepisami ustawy Prawo zamówień publicznych i nie stanowi oferty w myśl art. 66 Kodeksu Cywilnego, jak również nie jest ogłoszeniem w rozumieniu ustawy Prawo zamówień publicznych.
