|
Pracownicy:
Asystenci:
- mgr inż. Przemysław Czeleń, przemekcz@cm.umk.pl, tel. (52) 585-36-79
- mgr inż. Kinga Dybicz, kingad@cm.umk.pl, tel. (52) 585-36-79
- mgr inż. Marcin Jakubiak, marcin.jakubiak@cm.umk.pl, tel. (52) 585-36-78
- mgr inż. Przemysław Krawczyk, przemekk@cm.umk.pl, tel. (52) 585-36-79
- mgr inż. Agnieszka Zajkowska, agnieszka.zajkowska@cm.umk.pl, tel. (52) 585-38-80
- mgr Katarzyna Kozłowska, katarzynas@cm.umk.pl, tel. (52) 585-36-80
- mgr Jan Kujawski, jan.kujawski@cm.umk.pl, tel. (52) 585-36-78
Wykładowcy:
Pozostali pracownicy:
- mgr inż. Anna Cieślińska - specjalista nauk.-techn.
- Marcin Sztalmirski - referent
Tematyka badawcza:
GRUPA TEMATYCZNA A
Opis właściwości zasad azotowych oraz ich pochodnych zmodyfikowanych działaniem rodnika wodorotlenowego.
- Reaktywność chemiczna
Charakterystyka takich właściwości jak równowagi tautomeryczne, właściwości kodujące, parametry elektrostatyczne w oparciu o metodykę in silica
Realizacja: dr hab. Piotr Cysewski, prof. UMK
- Oddziaływania boczne (stakingowe)
Charakterystyka zdolnościach stakujących nukleozydów zmodyfikowanych i porównanie z analogicznymi właściwościami kanonicznych nukleozydów
- Trwałość wiązania N-glikozydowego
Wyznaczenie energii wiązania N-glikozydowego oraz mechanizmu nieenzymatycznej hydrolizy nukleozydów.
- Właściwości trifosforanów
Opis właściwości trifosforanów zmodyfikowanych działaniem rodnika hydroksylowego.
Realizacja: mgr Beata Szefler
- Modelowanie sfer solwatacyjnych
Wyznaczenie różnic w oddziaływaniach z cząsteczkami polarnego oraz i niepolarnego rozpuszczalnika oraz charakterystyka struktury solwatacyjnej
Realizacja: mgr Katarzyna Kozłowska
- Opis wpływu środowiska na właściwości parowania zasad azotowych oraz ich wolnorodnikowych pochodnych
Charakterystyka zdolności kodujących z uwzględnieniem wpływu zjawisk solwatacyjnych.
Realizacja: dr hab. Piotr Cysewski, prof. UMK
GRUPA TEMATYCZNA B
Projektowanie molekularne leków oraz opis mechanizmów ich działania - modelowanie reakcji enzymatycznych
- Opis właściwości wybranych leków interkalujacych
Charakterystyka strukturalna, energetyczna oraz dynamiczna wybranych związków chemicznych o charakterze leków interkalujących oraz ich oddziaływań z cząsteczką DNA
- Opis właściwości przeciw-uzależnieniowych ibogainy i jej pochodnych
- Opis właściwości chemicznych oraz aktywności biologicznej pochodnych kwasu 1,2,4-triazoloakrylowego
Charakterystyka strukturalna, energetyczna, elektrostatyczna, właściwości kwasowo-zasadowych pochodnych kwasy TrA i jego pochodnych.
- Mechanizm hydrolizy glikozydów zmodyfikowanych działaniem rodnika wodorotlenowego
- Mechanizm hydrolizy trifosforanów do difosforanów nukleozydów zmodyfikowanych działaniem rodnika wodorotlenowego
- Metodyka enzymologii obliczeniowej
Najważniejsze publikacje z ostatnich lat:
- P. Cysewski,
Ab initio calculations of the pairing of four canonical DNA bases with three thymine derivatives generated by hydroxyl radical in anaerobic conditions,
Pol.J.Chem. 2000, 74, 245-256.
- Piotr Cysewski, Żaneta Czyżnikowska-Balcerak and Beata Szefler,
An ab initio post SCF study on stacking interactions of 8-oxo-9-methyl-guanine with four canonical DNA bases.
Pol.J.Chem. 2003, 77, 1287-1300.
- Piotr Cysewski, Daria Bira and Katarzyna Kozłowska,
Proton affinities and N-glycosidic bond stabilities of hydroxyl radical modified adenosine,
Phys. Chem. Chem. Phys., 2003, 5, 4899-4904.
- A. Shyichuk, D. Melnyk, P. Cysewski
Weakened bonds in polymer degradation intermediates as probable sites of macromolecular scission,
Polimery, 49 (2004) 66-69.
- P. Cysewski, D. Bira, K. Białkowski
An ab initio quantum chemistry study on N-glycosidic bond stabilities of hydroxyl radical modified guanosine analogs,
J. Mol. Structure THEOCHEM, 678(1-3) (2004) 77-81
- P. Cysewski, B. Modzelewska-Banachiewicz
Quantum chemistry study on an intrinsic cis-trans equilibrium of 1,2,4-triazole-5-propenoic acid,
Internet J. Chem., 7 (2004) 2.
- P. Cysewski
An ab initio study on nucleic acid bases aromaticities,
J. Mol. Structure THEOCHEM, 714(1) (2005) 29-34
- P. Cysewski
An ab initio DFT characteristics of tautomeric properties of hydroxyl radical modified nucleosides in polar and non-polar environments,
Z. Phys. Chem., 219 (2005) 213-234.
- P. Cysewski, A. Shyichuk,
A first principle characterization of polyethylene, poly(propylene) and polystyrene macroradicals properties,
Macromol. Theory Simul., 15 (2006) 331-338
- P. Cysewski, A. Gackowska, J. Gaca
Experimental and theoretical studies on formation and degradation of chloro organic compounds
Chemosphere, 63 (2006) 165-170.
- R. Zaleśny, K. Matczyszyn, A. Kaczmarek, W. Bartkowiak, P. Cysewski
Experimental and theoretical investigations of spectroscopic properties of azobenzene
J. Mol. Mod., 13 (2007) 785–791.
- P. Cysewski, P. Czeleń
Theoretical analysis of the effects of guanine oxidative damage on the properties of B-DNA telomere fragments
J. Mol. Mod., 13 (2007) 739–750
- P. Cysewski
Accurate Gas Phase Acidities of Carboxylic Acids Estimated by Scaling the Vibrational Contribution of Ab Initio Gibbs Free Energies
J. Mol .Mod., 13 (2007) 801-808.
- P. Cysewski, P. Król, A. Shyichuk
First Principle Simulations of Ethylene Glycol Addition to Diisocyanates
Macromol. Theory Simul., 16 (2007) 541-547.
- R. Zalesny, W. Bartkowiak, P. Toman, J. Leszczynski
Computational insight into relations between electronic and vibrational polarizabilities within the two-state valence-bond charge-transfer model
Chemical Physics, 337 (2007) 77-80.
- P. Cysewski, Ż. Czyżnikowska – Balcerak
A Post-SCF Quantum Chemistry Study On Local Minima of 8-oxo-Guanine Stacked With All Four Nucleic Acid Bases in B-DNA Conformations
Journal of Heterocyclic Chemistry, 44 (2007) 765-774.
- A. Kaczmarek, R. Zalesny, W. Bartkowiak
On the influence of confinement effects on electric properties:An ab initio study
Chemical Physics Letters, 449 (2007) 314-318.
- Z. Czyznikowska, R. Zalesny, R.W. Gora, M. Ziolkowski, P. Cysewski
The nature of interactions in uracil dimer: An ab initio study
Chemical Physics Letters, 450 (2007) 132-137.
- J. Nowaczyk, P. Olszowy, P. Cysewski, A. Nowaczyk, W. Czerwiński
Ozonization of electronic conducting polymers, Part 3: the action of ozone on poly[3-pentylthiophene] film.
Polym. Degrad. Stabil., 93(7) (2008) 1275-1283.
- P. Cysewski, A. Zalewska, E. Makarewicz
Zastosowanie metody regresji liniowej do opisu emulgowania ksylenu w wodzie z użyciem różnych środków powierzchniowo czynnych
Przemysł Chemiczny 87(8) (2008) 881-884.
- P. Cysewski, Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, P. Czeleń
The post-SCF quantum chemistry characteristics of the guanine–guanine stacking B-DNA
Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2665–2672.
- P. Cysewski
A post-SCF complete basis set study on the recognition patterns of uracil and cytosine by aromatic and –aromatic stacking interactions with amino acid residues
Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2636–2645.
- J. Nowaczyk, P. Olszowy, P. Cysewski, A. Nowaczyk, W. Czerwiński
Ozonization of electronic conducting polymers, Part III: The action of ozone on poly[3-pentylthiophene] film
Polymer Degradation and Stability 93(7) (2008) 1275-1283.
- P. Cysewski
The post-SCF quantum chemistry characteristics of the energetic heterogeneity of stacked guanine–guanine pairs found in B-DNA and A-DNA crystals
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 865 (2008) 36–43.
- P. Cysewski
The impact of the nucleoside oxidation on the susceptibility to chemical carcinogens studied by first principle and semiempirical quantum chemistry methods
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 863 (2008) 16-21.
- Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, P. Cysewski
Quantum Chemical Study of the Nature of Stacking Interactions of 2-Oxo-adenine with Native B-DNA Purines
Polish J. Chem. 82 (2008) 2269-2279.
- P. Cysewski, K. Kozłowska
Accurate Gas Phase Basicities of Hydroxyl Radical Modified Purines Estimated by Advanced Quantum Chemistry Methods
Polish J. Chem. 82 (2008) 2255-2268.
Stan zatrudnienia na dzień: 26.02.2010 |
